Jaroslav Mihalik w styczniu 2017 roku został wypożyczony do Cracovii ze  Sparty Praga, a pół roku później Pasy zdecydowały się na transfer definitywny płacąc za Słowaka (wg Transfermarkt) 850 tys. euro.

Mihalik wystąpił w 25. oficjalnych meczach Cracovii – 24 w PKO Ekstraklasie i 1 w Pucharze Polski – w których strzelił jedną bramkę i miał dwie asysty. Ostatni mecz w Cracovii zagrał 18 grudnia 2017 roku w wygranym przez Pasy 4:0 wyjazdowym meczu z Górnikiem Zabrze.

Później po niefortunnych medialnych wypowiedziach był wypożyczany kolejno do słowackiej MŠK Žilina, Lechii Gdańsk i czeskiej SK Sigmy Ołomuniec. W tym ostatnim klubie w rundzie wiosennej zagrał 10 meczów ligowych strzelając jedną bramkę.

Według Transfermarkt obecna wartość zawodnika to 250 tys. euro.

Transfery Cracovii - Lato 2021:

Przyszli:

• Jakub Jugas (FC Slovan Liberec), Czech, 29 lat, środkowy obrońca
• Filip Balaj (Zlate Moravce), Słowak, 23 lata, środkowy napastnik
• Kamil Ogorzały (Sandecja), Polak, 20 lat, lewy pomocnik
• Karol Knap (Puszcza Niepołomice), Polak, 19 lat, środkowy pomocnik
• Mathias Hebo Rasmussen, Duńczyk, 25 lat, środkowy pomocnik
• Otar Kakabadze, Gruzin, 25 lat, prawy obrońca

Odeszli:

• Tomáš Vestenický,
• Diego Ferraresso,
• Ivan Fiolić,
• Dawid Szymonowicz
• Jakub Kosecki
• Marcin Budziński
• Ivan Marquez Alvarez
• Jaroslav Mihalik