Michał Probierz prowadził Cracovię od 23 czerwca 2017 roku, kiedy to na stanowisku szkoleniowca zastąpił trenera Jacka Zielińskiego.

W sezonie poprzedzającym przyjście Probierza do Pasów zespół zajął 14. miejsce w tabeli, mając dwa punkty przewagi nad strefą spadkową (utrzymania mógł być pewny dopiero w przedostatniej kolejce). W pierwszym sezonie pod wodzą Michała Probierza Cracovia uplasowała się na 9. pozycji, w kolejnym zajęła miejsce 4 – gwarantujące grę w eliminacjach europejskich pucharów. Było to powtórzenie osiągnięcia z sezonu 2015/16, kiedy to identyczne miejsce wywalczył zespół trenera Zielińskiego.

W rozgrywkach pucharowych mierząc się z DAC Dunajska Streda Cracovia zanotowała dwa remisy – 1:1 na wyjeździe i 1:1 u siebie, lecz po dogrywce w Krakowie Pasy odpadły z wynikiem końcowym 2:2.

W kolejnym sezonie "Biało-Czerwoni" plasowali się w ścisłej czołówce po rundzie jesiennej – w tym momencie Probierz objął także stanowisko wiceprezesa zarządu MKS Cracovia do spraw sportowych.

Na wiosnę drużyna prowadzona przez bytomskiego szkoleniowca zanotowała jednak fatalną serię sześciu porażek z rzędu w rozgrywkach ligowych, zaprzepaszczając szanse zarówno na medale, jak i na miejsca pucharowe – na finiszu meldując się na 7. pozycji.

Powetowali sobie jednak Pasiacy to w rozgrywkach Pucharu Polski – Cracovia pod wodzą Probierza po raz pierwszy w swej historii sięgnęła po to trofeum, pokonując w emocjonującym finale Lechię Gdańsk 3:2.

Sezon 2020/21 rozpoczął się dla Pasów wyśmienicie: od kolejnego historycznego triumfu – tym razem łupem Cracovii padł Superpuchar Polski, zdobyty kosztem Legii Warszawa (w regulaminowym czasie 0:0, w rzutach karnych górą byli Krakowianie).

Pomimo niezłego początku w Lidze i szybkiego odrobienia minusowych pięciu punktów nałożonych na klub jako kara za dawne przewinienia korupcyjne – w kolejnych miesiącach sytuacja mocno się skomplikowała i zespół nie potrafił "wygrzebać się" z dolnych rejonów tabeli.

30 stycznia 2021 roku, po pierwszym w rundzie wiosennej, przegranym meczu wyjazdowym z Wartą trener Probierz nieoczekiwanie podał się do dymisji. Zarząd klubu z Profesorem Januszem Filipiakiem na czele nie przyjął jednak dymisji i zdołał przekonać szkoleniowca do pozostania na stanowisku.

Ostatecznie Pasy zapewniły sobie utrzymanie na dwie kolejki przed końcem rozgrywek.

W sezonie 2021/22 Michał Probierz poprowadził Cracovię w 14 spotkaniach, w których jego drużyna zdobyła 17 punktów, notując 4 zwycięstwa, 5 remisów i 5 porażek. Aktualnie przewaga "Biało-Czerwonych" nad strefą spadkową wynosi 6 punktów, zaś strata do miejsc premiowanych grą w eliminacjach pucharów – 9 punktów.

Cracovia odpadła też w międzyczasie z rozgrywek Pucharu Polski – lepszy od niej okazał się pierwszoligowy ŁKS, który awansował po serii rzutów karnych.

W czasie swej pracy Michał Probierz prowadził Cracovię w 175 spotkaniach, notując średnią 1,46 zdobytego punktu na mecz.

Lepszą średnia punktową jako trener Pasów mógł się pochwalić w ciągu ostatniego dwudziestolecia jedynie Wojciech Stawowy (1,51 i 1,58 punktu na mecz). Poprzednik Probierza (a być może – jak donoszą niektóre źródła – także i jego następca) Jacek Zieliński legitymuje się średnią 1,43 punktu na mecz, a tuż za podium plasuje się obecny Dyrektor Sportowy Cracovii – Stefan Majewski z wynikiem 1,37 punktu na mecz.

Paweł Mazur "depesz"