Poprzedni sezon Jagiellonia zakończyła na 4. miejscu co dało jej prawo gry w rundzie eliminacyjnej Ligi Europy. Po nieudanym starcie (1:0 i 0:2 z Irtyszem Pawłodar) z klubem pożegnał się Michał Probierz, który prowadził zespół Jagiellonii od 2008 roku.

Przed startem T-Mobile Ekstraklasy miejsce zwolnione przez Probierza, zajął trener Czesław Michniewicz. "Polski Mourinho " nie potrafił powtórzyć wyników poprzednika. W 17 meczach Jagiellonia zdobyła 22 punkty co dało jej 10. miejsce w tabeli. Michniewicz stracił pracę, a jego miejsce zajął Tomasz Hajto, który otrzymał warunkową licencję na prowadzenie zespołu w Ekstraklasie.

Spośród kilku zimowych transferów warto wymienić pozyskanie Gruzina Dzalamidze z Widzewa, Białorusina Gosića z białoruskiego NK Dugopolje i powrót Grzegorza Sandomierskiego z belgijskiego KRC Genk. W gronie kilku piłkarzy, którzy rozstali się z Jagiellonią znalazł się m.in. Hermes, który odszedł do Polonii Bytom.

Zimą Jagiellonia rozegrała 13 meczów kontrolnych, głównie z mało znanymi rywalami, w których zdobyła aż 35 bramek. Najwięcej goli strzelili Grzegorz Rasiak (9) i Tomasz Frankowski (5).

W meczu inaugurującym wiosenne rozgrywki Jagiellonia po słabej grze przegrała w Kielcach z Koroną 0:2 i spadła o jedno miejsce w tabeli (na 11).

W najwyższej klasie rozgrywkowej Cracovia grała z Jagiellonią 9 razy. Bilans jest remisowy: po cztery zwycięstwa i jeden remis.

W rundzie jesiennej Cracovia przegrała w Białymstoku z Jagiellonią 1:2, a jedyną bramkę dla Pasów zdobył Alexandru Suvorov. Ostatni mecz w Krakowie z udziałem Cracovii i Jagiellonii rozegrano wiosną ubiegłego roku. Cracovia - prowadzona wówczas przez trenera Jurija Szatałowa - wygrała pewnie 3:0 po bramkach Klicha, Suvorova i Struny (patrz wideo).