Mateusz Wdowiak jest wychowankiem Cracovii, której barwy reprezentował – z roczną przerwą na wypożyczenie do Sandecji – przez blisko 20 lat. W ekstraklasie zadebiutował równo 6 lat temu – 15 lutego 2015 roku wchodząc na boisko w 73 minucie meczu ze Śląskiem Wrocław (1:1). W najwyższej klasie rozgrywkowej wystąpił w 133 meczach zdobywając 8 bramek. Ogółem reprezentował Pasy w 152 oficjalnych meczach w których zdobył 13 bramek i zanotował 23 asysty.

Popularny „Wdówka” był pierwszoplanową postacią drużyny trenera Michała Probierza, która w 2020 roku zdobyła pierwszy w historii Cracovii Puchar Polski. Skrzydłowy Pasów zdobył w nich cztery bramki, w tym „złotego” gola w 117 minucie finału Pucharu Polski z Lechią Gdańsk.

W obecnym sezonie wystąpił tylko w 3 meczach Ekstraklasy, po czym został przeniesiony do zespołu rezerw…

25 stycznia 2021 roku Mateusz Wdowiak – pół roku przed zakończeniem kontraktu z Cracovią – podpisał trzyletni kontrakt z Rakowem Częstochowa, który wchodził w życie od 1 lipca br. Obecny transfer z Cracovii oznacza, że wychowanek Pasów będzie związany z zespołem z Częstochowy przez najbliższe 3,5 roku.