Pavol Masaryk ma na koncie ponad 200 meczów w słowackiej ekstraklasie. W latach 2003 - 2005 rozegrał 60 spotkań w barwach Spartaka Trnava dla którego zdobył 10 bramek.

Znacznie lepsze statystyki strzeleckie Masaryk osiągnął w kolejnym klubie Slovanie Bratysława dla którego strzelił 56 bramek w 149 meczach ligowych. Dwukrotnie - w latach 2006 i 2007 - był trzecim strzelcem ligi słowackiej, a w sezonie 2008/2009 królem strzelców tamtejszej ligi z 15 strzelonymi bramkami. W poprzednim sezonie rozegrał w Slovanie 31 spotkań w których strzelił 10 goli.

Latem 2010 roku podpisał dwuletni kontrakt z cypryjskim zespołem AEL Limassol. Jesienią wystąpił w 9 meczach (w większości w niepełnym wymiarze czasowym - łącznie 370 minut) w których zdobył tylko jedną bramkę.

Na początku lutego tego roku Pavol Masaryk rozwiązał kontrakt z AEL Limassol.

Crac