Jakub Jugas do Pasów trafił latem 2021 roku ze Slovana Liberec za kadencji trenera Michała Probierza. W barwach Cracovii rozegrał 85 oficjalnych meczów, zdobywając 3 gole. Najwięcej występów zaliczył w sezonach 2022/2023 i 2024/2025, będąc kluczowym elementem defensywy. 
Łącznie spędził na boisku ponad 6,5 tysiąca minut, a w sezonie 2023/2024 pełnił funkcję kapitana. W obecnych rozgrywkach, pod wodzą trenera Luki Elsnera, nie zagrał ani minuty w Ekstraklasie. Dorobek zawodnika byłby zapewne bogatszy, gdyby nie dwie poważne kontuzje, które na długie miesiące wykluczyły go z gry.

Kontrakt zawodnika był ważny do 30 czerwca 2026 roku, ale został rozwiązany za porozumieniem stron. Na razie nie wiadomo, gdzie Czech będzie kontynuował karierę.

Jakub Jugas jest pierwszym piłkarzem, który w zimowym okienku transferowym żegna się z Cracovią.
Stanisław Malec "Crac"