Potencjalnymi rywalami Cracovii w kolejnych rundach Pucharu Polski są: w 1/8 finału zwycięzca meczu KKS 1925 Kalisz - Pogoń Szczecin, a w ćwierćfinale zwycięzca rywalizacji Puszcza Niepołomice - Korona Kielce / Piast Gliwice - Lechia Gdańsk.

Mecze 1/16 finału Pucharu Polski - 9 - 11 sierpnia 2016  
 
 1. Górnik Zabrze - Legia Warszawa
 2. Wigry Suwałki - Bruk-Bet Termalica Nieciecza
 3. Miedź Legnica - Górnik Łęczna
 4. GKS 1962 Jastrzębie - Radomiak Radom
 5. Rominta Gołdap/Arka Gdynia - Olimpia Zambrów
 6. KSZO 1929 Ostrowiec Świętokrzyski - Raków Częstochowa
 7. Bytovia Bytów - Zagłębie Lubin
 8. Sandecja Nowy Sącz - Śląsk Wrocław
 9. Podbeskidzie Bielsko-Biała - Lech Poznań
 10. Stomil Olsztyn - Ruch Chorzów
 11. Chojniczanka Chojnice - Stal Mielec/Wisła Płock
 12. Zagłębie Sosnowiec - Wisła Kraków
 13. Cracovia - Jagiellonia Białystok
 14. KKS 1925 Kalisz - Pogoń Szczecin
 15. Puszcza Niepołomice - Korona Kielce
 16. Piast Gliwice - Lechia Gdańsk

Mecze 1/8 finału - 21 września  2016:
 
 17. zwycięzca meczu 1 - zwycięzca meczu 2
 18. zwycięzca meczu 3 - zwycięzca meczu 4
 19. zwycięzca meczu 5 - zwycięzca meczu 6
 20. zwycięzca meczu 7 - zwycięzca meczu 8
 21. zwycięzca meczu 9 - zwycięzca meczu 10
 22. zwycięzca meczu 11 - zwycięzca meczu 12
 23. zwycięzca meczu 13 - zwycięzca meczu 14
 24. zwycięzca meczu 15 - zwycięzca meczu 16
 
 Mecze 1/4 finału - 26 października, 30 listopada  2016:
 
 zwycięzca meczu 17 - zwycięzca meczu 18
 zwycięzca meczu 19 - zwycięzca meczu 20
 zwycięzca meczu 21 - zwycięzca meczu 22
 zwycięzca meczu 23 - zwycięzca meczu 24